Den gula varningen för nederbörd trädde i kraft kl. 14.00 i distrikten Leiria, Castelo Branco, Lissabon, Santarém, Portalegre och Setúbal, enligt IPMA.
På dessa platser är väderprognosen för idag "perioder av regn eller skurar, som kan vara lokalt intensiva och åtföljas av åskväder i de centrala och södra regionerna", och "ibland stark vind på höglandet".
Varningen kommer att gälla fram till tisdag för distrikten Castelo Branco, Santarém och Portalegre.
Dessa tre distrikt får på tisdagen sällskap av en gul varning, med en prognos om "regn, ibland kraftigt", och fyra andra i den norra regionen, nämligen Viana do Castelo, Braga, Porto och Aveiro.
Enligt IPMA kommer dessa gula varningar att gälla fram till kl. 12.00 på tisdagen.