Cort, 30 anni, ha completato i 203,1 km tra Faro e Tavira in 05:05.14 ore, battendo l'italiano Filippo Ganna (INEOS), secondo, e il belga Jordi Meeus (BORA-hansgrohe), terzo, con Rui Oliveira (UAE Emirates) sesto e Rui Costa (Intermarché-Wanty-Circus) settimo.

In classifica generale, il danese ha ora 18 secondi di vantaggio su Rui Costa, secondo, e 20 secondi sul belga Ilan Van Wilder (Soudal-QuickStep), terzo.

Sabato, la quarta e penultima tappa della 49ª edizione collega Albufeira alla cima di Malhão in 177,9 km, prima della decisiva cronometro di domenica a Lagoa.