SINSEF (Union of Employees of the Foreigners and Borders Service), som omfattar anställda med andra uppgifter än polisiära, har lagt fram ett strejkvarsel för den 5 och 6 april.
SEF:s fackförening för forskare och inspektörer (SCIF/SEF) har också utfärdat ett strejkvarsel mellan den 6 och 10 april, vilket sammanfaller med påsken, vilket skulle kunna orsaka störningar på flygplatser, vilket nyligen inträffade på Faros flygplats.
Det handlar om integreringen av arbetstagare från SEF i rättspolisen, institutet för register och notarier (IRN) och den framtida portugisiska myndigheten för migration och asyl (APMA) inom ramen för omstruktureringsprocessen.
De fackliga strukturerna motsätter sig det sätt på vilket regeringen avser att överföra arbetstagare, eftersom inspektörernas fackförening anser att förslaget till lagdekret som reglerar överföringen av inspektörer från SEF till PJ inte garanterar principen "lika arbete, lika lön".
I ett förhandsmeddelande om strejken beklagar fackföreningen för SEF:s administrativa anställda "den tid som har gått sedan fusionsprocessen inleddes" och att dessa arbetstagare "fortsätter med en osäker framtid".
SINSEF:s ordförande, Artur Girão, sade till Lusa att den två dagar långa strejken har att göra med det sätt på vilket "överföringsprocessen äger rum" och "bristen på en värdig karriär".