Varningen, som kommer att gälla fram till kl. 21.00 i dag, avser distrikten Bragança, Viseu, Porto, Guarda, Vila Real, Viana do Castelo, Leiria, Castelo Branco, Aveiro, Coimbra och Braga.
IPMA motiverar denna varning eftersom det förväntas skurar, ibland starka följt av åskväder, och eventuellt också starka vindbyar.
För tisdag förutspår institutet återigen perioder med regn eller skurar, särskilt i norra och centrala regioner, och nordvästlig vind, ibland stark på höglandet. En liten minskning av den maximala temperaturen förväntas också.