Varningen på grund av de ihållande höga värdena för den maximala temperaturen kommer att förlängas till 21:00 idag och sedan bli gul till 18:00 på onsdag.
IPMA placerade också distrikten Setúbal, Santarém, Portalegre, Castelo Branco, Guarda, Viseu, Vila Real och Bragança under gul varning fram till 18:00 på onsdag.
Ögruppen Madeira kommer att vara under en orange varning mellan 09:00 och 21:00 idag, sedan kommer det att ändras till gult fram till 09:00 på onsdag.
Den orange varningen indikerar måttlig till hög risk för vädersituationen och den gula utfärdas av IPMA när det finns en risksituation för vissa aktiviteter som är beroende av vädersituationen.
IPMA förutspår fram till onsdag i norra och centrala inlandet och i södra regionen värden över 30 grader Celsius i större delen av territoriet, mellan 35 och 40 grader i inlandet söder om Tagus och i Beira Baixa, där de kan nå 40 till 43 grader.
Minimitemperaturen kommer också att vara hög, med tropiska nätter (med minimum över 20 grader) på flera ställen i centrum och söder, särskilt i östra Algarve-regionen, där de kan vara nära 25 grader.
På spel är, enligt IPMA, en "gemensam åtgärd av en anticyclonic region mellan Västeuropa och skärgården Madeira, och en depressionär dal som sträcker sig från Nordafrika till den iberiska halvön, med ursprung i transporten av en tropisk luftmassa med kontinentalt ursprung, vilket är gynnsamt för en meteorologisk situation av varmt och torrt väder."
IPMA sade i ett uttalande som publicerades på sin webbplats att det varma vädret förväntas bli mer långvarigt söder om Tagus och Beira Baixa, där en värmebölja förväntas inträffa fram till onsdag.