IPMA-varningen gäller mellan kl. 15.00 och 23.00 på fredag för distrikten Viseu, Porto, Vila Real, Viana do Castelo, Aveiro, Coimbra och Braga.
IPMA betonade att nederbörden återvänder till Portugals fastland från och med denna fredag, med "det varma och torra vädret de senaste veckorna" som ger plats för "regnigt väder och en temperaturminskning".
"Regn förväntas inträffa initialt på norra kusten, som gradvis kommer att sträcka sig till hela territoriet, och i södra regionen kommer det att vara mer sannolikt den 14".
De maximala lufttemperaturerna kommer att sjunka denna fredag, mellan 4 och 8°C, särskilt i regionerna North, Center och Alto Alentejo och bör fortsätta att sjunka den 14 och 15 oktober i hela landet.
"De lägsta temperaturvärdena förväntas ha obetydliga variationer, men med en lika stor tendens att minska", säger IPMA också.