Avtalet, som kommer att fördjupa relationerna mellan de två länderna då de firar 50 år av diplomatiska förbindelser, undertecknades under en resa som Kinas premiärminister Li Qiang gjorde förra veckan.
Besöket i Malaysias administrativa huvudstad Putrajaya var den sista etappen av en regional resa som syftar till att utöka Kinas inflytande i Asien och Stillahavsområdet.
Kina har varit Malaysias största handelspartner sedan 2009, och den totala handeln uppgick förra året till 450,84 miljarder ringgit (98,90 miljarder USD).