På Estádio da Luz i Lissabon dök Ronaldo överraskande upp utanför förbundskapten Roberto Martínez startelva i den andra omgångens match, men han visade sig ändå vara avgörande genom att fullborda den portugisiska comebacken i den 88:e minuten, efter att ha bytts in i början av den andra halvleken.
"Formeln" var densamma som mot Kroatien, Nuno Mendes slog ett inlägg från vänster och Ronaldo nickade in bollen.
Innan dess, efter bara fyra minuter, gav McTominay Skottland ledningen, och Bruno Fernandes kvitterade i den 54:e minuten och inledde det portugisiska lagets comeback.
Portugal vann till slut välförtjänt, med tanke på det stora antalet möjligheter de skapade under hela matchen, mot ett Skottland som kämpade hårt och gjorde livet mycket svårt för det portugisiska laget.
Efter de två första omgångarna har Portugal bara vunnit och är nu ensam ledare i grupp A1, eftersom Polen besegrades av Kroatien (1-0) och nu delar andraplatsen med kroaterna. Skottland står fortfarande på noll poäng.