1621年，他去了日本。在那里，人们对社会生活中的天主教徒和基督教徒的数量越来越不满。德川王朝的第二任幕府将军颁布了一项法令。这禁止了任何基督教信仰的教学或实践。所有的传教士都被告知要离开日本，否则将面临死亡的威胁。

卡瓦略伪装成士兵，在天草岛上生活了两年。他学会了日语，并将自己融入了日本文化。后来，该岛的总督向其他人承认米格尔确实是一名传教士，他被赶出了该岛。

在一些人的帮助下，他到了长崎，在那里他继续他的传教工作，并照顾一小群信徒。1623年7月，他从大村回来，根据一个线人的话被捕。他被带到了当地的监狱，在那里他与两名西班牙和两名日本传教士一起被关押。他在监狱里祈祷，每天做弥撒。


这些囚犯被判处死刑，1624年8月25日，米格尔和他的同伴被烧死在火刑柱上。

他是葡萄牙天主教大学布拉加校区哲学系的守护神，他的节日是8月25日。