Incidenten inträffade omkring kl. 12.00 efter att sprängladdningen upptäcktes vid Meia Praia i Lagos.
Enligt ett uttalande från flottan kallades experter in vid middagstid och sprängladdningen desarmerades på plats.
Myndigheterna varnade för att sådana fynd alltid måste rapporteras till den nationella sjöfartsmyndigheten och att de inte får hanteras eller flyttas.