Enligt Machicos borgmästare Ricardo Franco inträffade explosionen omkring klockan 04.05 i Machico Parque-byggnaden, ett bostadsområde som förvaltas av det offentliga bolaget Investimentos Habitacionais da Madeira och som ligger i församlingen Água de Pena.
Borgmästaren sade att explosionen orsakade dödsfallet för två personer - en man och en kvinna, vars ålder ännu inte har fastställts - som bodde i angränsande lägenheter.
Explosionen orsakade också skador på flera andra lägenheter och på ett fordon som stod parkerat utanför, vilket innebar att ett tiotal invånare fick flytta på grund av "betydande sprickor" i byggnadens struktur och flera översvämningar till följd av sprickor i rörledningarna.
Den kommunala brandkåren i Machico bistod på platsen, där även polisen för allmän säkerhet och rättspolisen deltog, som utreder orsakerna till gasläckan.