I ett uttalande sade den nationella sjöfartsmyndigheten (AMN) att man under operationen upptäckte ett första höghastighetsfartyg med tre besättningsmedlemmar som misstänktes vara kopplade till narkotikahandel, och att en "framgångsrik" strategi för att ta sig till fartyget genomfördes, vilket ledde till att följande personer greps tre besättningsmedlemmar.
Samtidigt upptäcktes ett andra höghastighetsfartyg som släppte flera balar med narkotika i vattnet, men när besättningen insåg myndigheternas närvaro rammade den "avsiktligt" ett av sjöpolisens fartyg.
"Fartyget kolliderade med sådan våldsamhet att det passerade över det från ena sidan till den andra, skadade sjöpolisens fartyg och satte agenternas liv på spel, som klarade sig med skador", säger han och tillägger att sjöpolisen, trots att "två skadades och två andra låg i vattnet", lyckades reagera och slå larm.
Utan framgång flydde besättningen på det andra fartyget och sjöpolisens agenter räddades och transporterades av ett flygplan från det portugisiska flygvapnet till en sjukhusenhet.
De narkotikapaket som samlades in vid den gemensamma insatsen av sjöpolisen och den portugisiska flottan kommer att överlämnas till rättspolisen, liksom de tre gripna männen.
Enligt sjöfartsmyndigheten har det under de senaste "två månaderna förekommit en högre grad av våld i smugglarnas reaktioner", och detta är det andra fallet som involverar myndigheternas fartyg som är registrerade i Algarve under de senaste två veckorna.
I slutet av januari skadades ett fartyg från kustkontrollenheten (UCC) under en förföljelse av två höghastighetsfartyg nära ön Armona i Algarve. Olhão, i distriktet Faro.