Planet flög in i portugisiskt luftrum kl. 09.12 och eskorterades av två F-16 jaktplan fram till basen Figo Maduro i Lissabon, där det landade 17 minuter tidigare än planerat.
Påven Franciskus kommer att välkomnas på flygplatsen av republikens president, Marcelo Rebelo de Sousa.
Enligt programmet för de journalister som deltar i de påvliga flygningarna kommer den påvlige nuntien, Ivo Scapolo, och protokollchefen att gå ombord på flygplanet efter landningen för att hälsa på Franciskus som går ner i hissen.
Påven tas emot av republikens president och två barn, i traditionella dräkter, som ger Francisco blommor.
De båda statscheferna passerar genom hederssalarna, hälsar på delegationerna och beger sig till ett reserverat område i hangaren, där de enligt programmet har ett kort möte.
Efter den officiella mottagningen äger en välkomstceremoni rum vid huvudingången till Belém-palatset, där påven kl. 11.15 avlägger ett artighetsbesök hos republikens president.
Detta följs av ett möte med myndigheter, det civila samhället och den diplomatiska kåren på Centro Cultural de Belém.
På eftermiddagen, kl. 16.30, har Francisco ett möte med ordföranden för republikens församling, Augusto Santos Silva, följt 15 minuter senare av ett annat med premiärminister António Costa, båda vid den apostoliska nuntiaturen.
Den sista punkten på den första dagen av påvens resa till Portugal är eftermiddagsbönen (Vesper), som han kommer att leda, och som samlar biskopar, präster, diakoner, vigda män och kvinnor, seminarister och pastorala agenter, vid Jerónimos-klostret, med början kl. 17.30.
Mer än en miljon människor väntas till Lissabon för WYD, som startade på tisdagen och avslutas på söndag.