Jordbävningen inträffade klockan 01:44 och epicentrum var beläget "cirka 25 kilometer väster om Peniche".
Institutet förklarar också att "ingen information mottogs som bekräftar att denna jordbävning kändes" av befolkningen.
Några timmar tidigare meddelade IPMA att två skalv, det första med en magnitud på 2,4 på Richterskalan och det andra med en magnitud på 2,9, registrerades kl. 22:16 respektive 22:24 på söndagen nära Montemor- o-Novo, Évora-distriktet.
Jordbävningarna orsakade inga personskador eller materiella skador och kändes med maximal intensitet IV (modifierad Mercalli-skala) i Montemor-o-Novo-regionen, sade institutet.