I ett uttalande säger IPMA att distrikten Porto, Setúbal, Viana do Castelo, Lissabon, Leiria, Aveiro, Coimbra och Braga är under varning på grund av "ihållande höga maximala temperaturvärden".
Den gula varningen kommer att gälla åtminstone fram till kl. 18.00 i dag i distrikten Porto, Viana do Castelo, Aveiro, Coimbra och Braga.
För distrikten Setúbal, Lissabon och Leiria kommer varningen att gälla åtminstone till kl. 18.00 på tisdag.
IPMA hade redan på fredagen varnat för att det portugisiska fastlandet förväntades uppleva temperaturer under helgen och början av veckan som var "över det normala" för september månad.
"Lufttemperaturerna kommer gradvis att öka från idag, fredag den 13:e, till den 16:e, och den mest betydande ökningen kommer att kännas på de norra och centrala kusterna", sade institutet i ett uttalande som publicerades på sin webbplats.
Enligt IPMA förväntas "maximitemperaturerna ligga över 30 grader Celsius, över hela territoriet, med vissa områden i södra regionen som når temperaturer över 35°C."
Minimitemperaturen "kommer också att öka, särskilt i Tagus Valley-regionen och i Alto Alentejo, där minimitemperaturerna förväntas ligga över 20°C (tropiska nätter)."
"De prognostiserade temperaturerna ligger klart över de vanliga för september månad, och en värmebölja kan inte uteslutas på vissa platser, men inte över hela fastlandet", varnar IPMA.
"På grund av denna situation kommer IPMA att utfärda en varning för varmt väder för vissa kustdistrikt", står det också i meddelandet.