El diploma define tres zonas -A, B y C- de sensibilidad arqueológica, que tiene en cuenta la ubicación del bien y su entorno, haciendo hincapié en su relación con el medio ambiente. Desde 1963, el Museo Militar está clasificado como bien de interés público.

Las tres áreas diferenciadas de protección especial representan distintos tipos de obras y actuaciones previas a éstas que deben llevarse a cabo. Según el decreto-ley, el "título define una zona de protección especial que tiene en cuenta la ubicación y el entorno del bien, es decir, su relación con el paisaje, el tejido urbano consolidado y otros bienes con relevancia patrimonial y/o urbanística".

Por lo tanto, en la zona A, es necesaria una intervención arqueológica previa al inicio de las obras, con el fin de favorecer su preservación. En la zona B, que se refiere a las intervenciones urbanísticas a realizar, debe realizarse una excavación arqueológica previa para poder comprobar la viabilidad de las intervenciones. Por último, la zona C, define el área que requiere un seguimiento arqueológico permanente.

La Dirección General de Patrimonio Cultural, en colaboración con el Ayuntamiento de Lisboa, propuso los límites destinados a salvaguardar el entorno del bien protegido, y el Consejo Nacional de Cultura dio su aprobación.