על פי הצהרה של מנהל הקהילה, "בניגוד להנחיה ולתורת המשפט של בית הדין לצדק של האיחוד האירופי, החקיקה הפורטוגזית מאפשרת לקחת בחשבון לא רק אמצעי הפחתה אלא גם אמצעי פיצוי על הנזק הצפוי מהפרויקט בעת קביעת האם לפרויקט יש השפעה משמעותית על אתרי Natura 2000. מתן אפשרות הכללת אמצעי פיצוי אלה במהלך הערכת הפרויקט פוגעת בתוצאות ההערכה

."

הוראת בתי הגידול (הוראה 92/43/EEC) מחייבת כי תוכניות ופרויקטים שעשויים להשפיע משמעותית על אתר Natura 2000 חייבים לעבור הערכה מתאימה של השפעותיהם על האתר לפני האישור וניתן לאשר אותם רק בכפוף לפטורים מסוימים אם הם אינם פוגעים בשלמותו של אתר נטורה 2000.

על פי ההנחיה המדוברת, זהו אחד המכשירים העיקריים של אירופה להגנה על המגוון הביולוגי, שהוא יעד מרכזי של העסקה הירוקה האירופית ואסטרטגיית המגוון הביולוגי לשנת 2030.

לפורטוגל יש חודשיים להגיב להודעה ששלחה בריסל.