I morse landade endast tre flygplan, två från Lissabon och ett från Porto, enligt ANA-portalen, som ansvarar för de portugisiska flygplatserna.
Sedan kl. 10.24 har inget annat flyg lyckats landa på Cristiano Ronaldo-flygplatsen, och vissa har omdirigerats till Porto Santo.
Samma information visar att 12 flygningar omdirigerades och att ett flyg ställdes in.
Bergsregionerna och Madeiras sydkust är för närvarande föremål för en orange vädervarning på grund av prognoserna om perioder med regn, ibland kraftigt och åtföljt av åska, enligt det portugisiska institutet för hav och atmosfär (IPMA).