Strejkerna beror på ett mycket kontroversiellt förslag till pensionsreform som lagts fram av den franska regeringen.
Flygbolagschefen sade att bolaget hade underrättats om ytterligare en strejkdag i dag av de franska luftfartsmyndigheterna.
O'Leary sade att flygbolaget var tvunget att ställa in ytterligare 220 flygningar i går, vilket påverkade över 40 000 passagerare.
"Det är orättvist att flygningar från Storbritannien till Spanien eller från Italien till Portugal ställs in bara för att ett gäng franska flygledare vill strejka", sade han.
"Vi respekterar deras rätt att strejka, men om de vill strejka, ställ in de franska flygningarna och skydda överflygningarna", tillade han.