Luís Araújo, som har varit chef för institutet under de senaste sju åren, lämnar på grund av "personliga skäl", enligt en rapport från ECO och bekräftad av ekonomiministeriet.
Carlos Abade, som fram till nu har varit styrelseledamot i Turismo de Portugal, kommer att ta hans plats.
I ett uttalande var minister Costa Silva "tacksam" för Luís Araújos och Filipe Silvas arbete, "som bidrog till bekräftelsen av en mycket relevant sektor för den nationella ekonomin, turismen, vars arbete och resultat kan tjäna som ett exempel och inspiration för andra sektorer i ekonomin".
"Att leda Turismo de Portugal var att leda ett team av excellens, ett team som ska gratuleras för det arbete som har utförts och som säkert kommer att fortsätta att visa all sin kapacitet för arbete och innovation till förmån för denna viktiga verksamhetssektor", sade Luís Araújo.