John föddes i regionen Kastilien i Spanien och skickades vid 14 års ålder till universitetet i Salamanca för att studera juridik. Han flyttade senare till Alcala, där han studerade filosofi och teologi innan han prästvigdes.

När Johns föräldrar dog och lämnade honom som ensam arvinge till en ansenlig förmögenhet, delade han ut sina pengar till de fattiga. År 1527 reste han till Sevilla i hopp om att bli missionär i Mexiko. Ärkebiskopen i staden övertalade honom att stanna och sprida tron i Andalusien (sydvästra Spanien). Under de nio år han arbetade där fick han rykte om sig att vara en engagerad predikant, en insiktsfull själavårdare och en klok biktfader.

Han arbetade senare i Cordoba och sedan i Granada, där han organiserade universitetet i Baeza, det första av flera högskolor som drevs av stiftspräster som ägnade sig åt att undervisa och ge andlig vägledning till unga människor.

Han var vän med S:t Franciskus Borgia, Ignatius av Loyola, Johannes av Gud, Johannes av Korset, Petrus av Alcantara och Teresa av Avila.

Han saligförklarades 1894, kanoniserades 1970 och förklarades vara kyrkans doktor den 7 oktober 2012.