Geboren in der spanischen Region Kastilien, wurde Johannes im Alter von 14 Jahren an die Universität von Salamanca geschickt, um Jura zu studieren. Später zog er nach Alcala, wo er Philosophie und Theologie studierte, bevor er zum Diözesanpriester geweiht wurde.

Nach dem Tod seiner Eltern, die ihm als Alleinerben ein beträchtliches Vermögen hinterließen, verteilte er das Geld an die Armen. Im Jahr 1527 reiste er nach Sevilla, in der Hoffnung, als Missionar nach Mexiko zu gehen. Der Erzbischof dieser Stadt überredete ihn, zu bleiben und den Glauben in Andalusien (Südwestspanien) zu verbreiten. Während seiner neunjährigen Tätigkeit dort erwarb er sich einen Ruf als einnehmender Prediger, einfühlsamer Seelsorger und weiser Beichtvater.

Später arbeitete er in Córdoba und dann in Granada, wo er die Universität von Baeza gründete, die erste von mehreren Hochschulen, die von Diözesanpriestern geleitet wurden, die sich dem Unterricht und der geistlichen Betreuung junger Menschen widmeten.

Er war befreundet mit den Heiligen Franziskus Borgia, Ignatius von Loyola, Johannes von Gott, Johannes vom Kreuz, Petrus von Alcantara und Teresa von Avila.

Er wurde 1894 seliggesprochen, 1970 heiliggesprochen und am 7. Oktober 2012 zum Doktor der Kirche erklärt.