Dez anos depois, ele foi enviado como missionário para o Extremo Oriente. Ele foi do México para as Filipinas e, finalmente, para o Vietnã do Norte. Ele se tornou bispo de Phunhay, Vietnã, em 1803. Em 1831, o imperador vietnamita proibiu oficialmente o catolicismo
e perseguiu severamente a Igreja.Aldeias inteiras foram enviadas para o exílio; padres foram presos e submetidos às mais terríveis torturas antes de serem mortos. Aqueles que ajudaram a capturá-los foram ricamente recompensados. O bispo Henares foi preso e decapitado em Nam Dinh em 25 de junho de 1838; os soldados e aldeões que participaram
de sua prisão receberam uma compensação generosa.São Domingos Henares é um dos cerca de 130.000 a 300.000 católicos martirizados pela fé no Vietnã entre os séculos XV e XX. Eles foram canonizados juntos pelo Papa São João Paulo II em 1988. O dia da festa de São Domingos Henares é 25 de junho, e o memorial coletivo para 117 dos mártires vietnamitas é 24 de novembro.