Diez años más tarde fue enviado como misionero a Extremo Oriente. Pasó de México a Filipinas y, finalmente, a Vietnam del Norte. En 1803 fue nombrado obispo de Phunhay (Vietnam). En 1831, el emperador vietnamita prohibió oficialmente el catolicismo y persiguió duramente a la Iglesia.


Pueblos enteros fueron enviados al exilio; los sacerdotes fueron detenidos y sometidos a las más terribles torturas antes de ser asesinados. Los que ayudaron a capturarlos fueron recompensados ricamente. El obispo Henares fue detenido y decapitado en Nam Dinh el 25 de junio de 1838; los soldados y aldeanos que participaron en su detención recibieron generosas compensaciones.


Santo Domingo Henares es uno de los entre 130.000 y 300.000 católicos martirizados por la fe en Vietnam entre los siglos XV y XX. Fueron canonizados juntos por el Papa Juan Pablo II en 1988. La festividad de Santo Domingo de Henares es el 25 de junio, y la conmemoración colectiva de los 117 mártires vietnamitas es el 24 de noviembre.