Dez anos mais tarde, foi enviado como missionário para o Extremo Oriente. Passou do México para as Filipinas e, finalmente, para o Vietname do Norte. Tornou-se bispo de Phunhay, no Vietname, em 1803. Em 1831, o imperador vietnamita proibiu oficialmente o catolicismo e perseguiu severamente a Igreja.


Aldeias inteiras foram mandadas para o exílio; padres foram presos e submetidos às mais terríveis torturas antes de serem mortos. Aqueles que ajudavam a capturá-los eram ricamente recompensados. O Bispo Henares foi preso e decapitado em Nam Dinh, a 25 de junho de 1838; os soldados e os aldeões que participaram na sua prisão receberam uma generosa indemnização.


São Domingos Henares é um dos cerca de 130.000 a 300.000 católicos martirizados pela fé no Vietname entre os séculos XV e XX. Foram canonizados juntos pelo Papa São João Paulo II em 1988. O dia da festa de S. Domingos Henares é 25 de junho e a memória colectiva dos 117 Mártires Vietnamitas é 24 de novembro.