Kvinnan, som också dömdes av ett domarkollektiv från domstolen i São João Novo, kommer att tvingas betala 11 600 euro i månaden till den portugisiska provinsen Franciscan Missionaries of Our Lady, den institution som förvaltar barncentret.
Hon måste också be om ursäkt till den skadade parten.
Det brott som hon dömdes för, kvalificerat bedrägeri, begicks mellan 2002 och 2004 och upptäcktes först 2007, då den tilltalade redan hade flytt utomlands och dök upp i rätten först 2021.
Den tilltalade, som för närvarande bor i Luxemburg där hon arbetar på ett kontor, var befriad från att närvara vid de flesta sammanträdena, inklusive detta sammanträde för att läsa upp domen.
En medbrottsling i förskingringen, till vilken nunnan överlämnade pengarna, hade redan ställts inför rätta 2014 och dömdes då till fyra och ett halvt års fängelse, med lika lång uppskov.
Under rättegången hävdade nunnan att hon hade blivit förförd av mottagaren av förskingringen och sade vid en rättegångsförhandling den 10 november att hon endast tog emot checkar på sammanlagt 48 000 euro.
Brotten var möjliga eftersom den tilltalade, medan hon ansvarade för välfärdscentrets sekretariat, hade blanka checkar och förfalskade signaturen från den överordnade moderen, som var juridiskt ansvarig för kontot.