Den gula varningen för Madeiras och Porto Santos nordkust och distrikten Viana do Castelo, Porto, Aveiro, Coimbra, Leiria, Lissabon, Setúbal, Beja och Faro på fastlandet, kommer att gälla fram till 18.00 på lördag.
Enligt IPMA väntas en kraftig havsstörning, med nordvästliga vågor på 4-5 meter.
Den gula varningen utfärdas av IPMA när vädersituationen utgör en risk för vissa aktiviteter.
På grund av havsstörningen är bommarna Caminha, Esposende, Vila Praia de Âncora, Póvoa de Varzim och Vila do Conde stängda för all sjöfart, enligt den portugisiska flottans webbplats.
Bommen i Figueira da Foz är stängd för fartyg som är mindre än 35 meter långa.
IPMA förutspår för den 7 januari på kontinenten lite molnig eller klar himmel, möjlighet till perioder med lätt regn på kusten norr om Cabo Raso fram till tidig morgon, dimma eller dimma på morgonen, isbildning och frost i synnerhet i det inre av norra och mellersta delen av landet samt en liten ökning av maximitemperaturen.
Man räknar också med svaga till måttliga nordliga vindar som gradvis vänder till nordost och som blåser måttliga till starka vindar i den västra kustremsan och på höglandet fram till sent på eftermiddagen.
Minimitemperaturerna på fastlandet kommer att ligga mellan 0 grader (i Guarda och Bragança) och 8 grader (i Lissabon) och maximitemperaturerna mellan 7 grader (i Guarda) och 17 grader (i Faro).
IPMA:s prognoser för den 7 januari för Madeira är i allmänhet molnig himmel, perioder med regn eller skurar, mer frekventa i norr och på höglandet och en liten temperaturökning.
Prognosen pekar också på måttlig nordostlig vind, som är måttlig till stark och med vindbyar på upp till 60 kilometer i timmen på höglandet.
I Funchal kommer temperaturen att variera mellan 16 och 22 grader och i Porto Santo mellan 16 och 19 grader.