Varningen omfattar distrikten Viana do Castelo, Braga, Porto, Aveiro, Coimbra, Leiria och Lissabon, som först kommer att ha gul varning mellan kl. 12.00 och 21.00 på torsdag, sedan orange.
Den orangea varningen kommer att pågå mellan kl. 21.00 på torsdag och 18.00 på fredag, med väntade nordvästliga vågor på 5-6 meter med en högsta höjd på 10-11 meter.
I distrikten Setúbal, Beja och Faro kommer det också att råda en gul vädervarning mellan kl. 03.00 och 18.00 på fredag på grund av det hårda havet, med förväntade vågor från nordväst på 4-5 meter.
Den agitationen till sjöss har också fått IPMA att utfärda en gul varning som gäller mellan kl. 06.00 på fredag och 06.00 på lördag för norra kusten på Madeira och Porto Santo.
Den orangea varningen är den näst allvarligaste och innebär en väderlek med måttlig till hög risk.