Enligt de föreslagna ändringarna får överföringar som görs av resenärer för paketresor inte överstiga 25% av priset, med ett undantag för kostnader för flygbiljetter.
Å andra sidan får arrangörerna inte begära full betalning förrän 28 dagar har gått före paketresans början.
Kommissionen vill också införa regler för att skydda passagerare som använder olika typer av transportmedel, såsom bussar, tåg och flygplan, på alla resor.
Passagerarna kommer att gynnas av bättre informationsrättigheter före och under dessa resor, särskilt när det gäller minsta anslutningstider mellan olika transporttjänster.
Om den multimodala resan köps inom ramen för ett transportavtal kommer passagerarna att ha rätt till assistans från transportören vid förlorade anslutningar.
De nya reglerna föreskriver också att passagerare med funktionshinder eller nedsatt rörlighet ska få assistans när de byter från ett transportsätt till ett annat.
Bryssel lade fram ett förslag om passagerares rättigheter och ett annat om rättigheter i samband med multimodala resor.
Omkring 13 miljarder passagerare reser varje år med flyg, tåg, buss eller färja i EU, och detta värde förväntas nå 15 miljarder euro år 2030 och nästan 20 miljarder euro år 2050.