I ett uttalande meddelade EU:s verkställande organ beslutet att vidta åtgärder mot Portugal vid EU-domstolen för bristande efterlevnad av ett beslut från den 5 december som uppmanade landet att utse 61 "områden av gemenskapsintresse" som "särskilda bevarandeområden", i enlighet med det europeiska direktivet för bevarande av livsmiljöer.
Domstolen förklarade också att Portugal inte hade vidtagit de nödvändiga bevarandeåtgärderna för dessa områden.
Efter domen utsåg Portugal formellt de 61 områdena i fråga till särskilda bevarandeområden genom att anta ett särskilt dekret, men denna utnämning är inte tillräcklig för att följa domen, eftersom Portugal också måste anta mål och åtgärder för bevarande, säger kommissionen.
Därför beslutade Ursula von der Leyens verkställande organ att "hänskjuta ärendet igen" till EU-domstolen.
Eftersom detta är den andra talan som väckts vid domstolen i samma ärende för Portugal "kan det leda till att ekonomiska sanktioner tillämpas för den tid som förflyter efter dagen för det första avgörandet tills efterlevnaden har kontrollerats".
I ett annat uttalande meddelade Bryssel också att Portugal ingår i en grupp länder, inklusive Spanien, Irland, Bulgarien, Malta och Slovakien, som EU-domstolen riktar in sig på för att de inte har följt översynen av förvaltningsplanerna för avrinningsdistrikt.
Enligt kommissionen är direktivet i fråga "inriktat på att säkerställa en god kvalitativ och kvantitativ hälsa hos europeiska vattenförekomster, såsom floder och sjöar", och har som syfte att eliminera föroreningar "samt garantera tillgången på tillräckligt med vatten för att samtidigt tillfredsställa människors och vilda djurs behov".
De berörda länderna "fortsätter att underlåta att uppfylla sina skyldigheter enligt direktiven" och de ansträngningar som de portugisiska myndigheterna hittills har gjort "har varit otillräckliga".