Na bijna tien jaar in Kanara keerde hij terug naar Goa, en in 1686 stichtte hij daar met een groep andere priesters een Oratorium van de heilige Filippus Neri, waarbij hij advies en hulp kreeg van de toenmalige Oratorianenhuizen in Portugal. Slechts een jaar later, in 1687, voelde hij zich geroepen Goa te verlaten en als missionaris naar het eiland Ceylon, nu Sri Lanka, te gaan.

Hij bleef vierentwintig jaar op dat eiland en oefende zijn priesterambt uit onder zeer beperkende omstandigheden. Hij werd intensief achtervolgd en vervolgd door de onderdrukkende Nederlandse calvinistische autoriteiten, die een einde wilden maken aan zijn eenzijdige maar succesvolle pogingen om de kerk weer op te bouwen en het katholicisme op Ceylon levend te houden. Hij moest overal vermomd heen reizen en was verplicht 's nachts in het geheim de sacramenten te vieren.

Pater Vaz besloot zijn basis te vestigen in het koninkrijk Kandy in het binnenland van het eiland. Daar aangekomen werd hij als spion gearresteerd en in de gevangenis gezet. Hij werd vrijgelaten nadat hij had gebeden voor wat door iedereen werd beschouwd als een wonderbaarlijke regenval, die een einde maakte aan een langdurige droogte. Daarna gaf de boeddhistische koning van Kandy hem zijn persoonlijke bescherming.

In 1696 voegden verschillende paters van het Oratorium in Goa zich bij hem in Ceylon en werd er een behoorlijk gevormde missie opgericht. Pater Vaz weigerde de functie van Vicaris Apostolicus en gaf er de voorkeur aan een eenvoudige missiepriester te blijven. Naast zijn andere pastorale werk vertaalde hij een catechismus en gebeden in de lokale talen Singalees en Tamil. De mensen noemden hem 'Sammanasu Swam' - de engelachtige priester.

Begin 1711 wist hij dat hij stervende was. Op 16 januari ontving hij de laatste sacramenten met leden van zijn groep rond zijn bed. Hij zei hen: "Leef altijd volgens Gods inspiratie. Hij stierf om middernacht. Hij was zestig jaar oud.

Helaas is de exacte verblijfplaats van zijn stoffelijk overschot onzeker.

Hij werd op 21 juni 1995 in Sri Lanka door paus Johannes Paulus II zalig verklaard, en daar op woensdag 14 januari 2015 door paus Franciscus heilig verklaard.

Zijn feestdag wordt gevierd op 16 januari.