Efter nästan tio år i Kanara återvände han till Goa, och 1686 grundade han ett Oratorium för Sankt Philip Neri där tillsammans med en grupp andra präster, med råd och hjälp från de oratoriska husen som fanns i Portugal. Bara ett år senare, 1687, kände han sig kallad att lämna Goa och åka som missionär till ön Ceylon, numera Sri Lanka.

Han stannade på den ön i tjugofyra år och utövade sin prästtjänst under mycket restriktiva förhållanden. Han förföljdes hårt av de förtryckande holländska kalvinistiska myndigheterna som ville sätta stopp för hans egenhändiga men framgångsrika ansträngningar att återuppbygga kyrkan och hålla katolicismen vid liv på Ceylon. Han var tvungen att resa överallt i förklädnad och var tvungen att fira sakramenten i hemlighet på natten.

Pater Vaz bestämde sig för att bygga sin bas i kungariket Kandy i öns inre. När han anlände dit arresterades han som spion och sattes i fängelse. Han släpptes efter att han hade bett om och fått vad som av alla betraktades som ett mirakulöst regn som avslutade en långvarig torka. Därefter gav den buddhistiska kungen i Kandy honom sitt personliga skydd.

År 1696 anslöt sig flera fäder från Oratoriet i Goa till honom på Ceylon och ett ordentligt konstituerat uppdrag upprättades där. Pater Vaz vägrade att bli apostolisk vikarie och föredrog att förbli en enkel missionärspräst. Bland sitt övriga pastorala arbete översatte han en katekes och böner till de lokala språken singalesiska och tamil. Folket kallade honom Sammanasu Swam - den änglaliknande prästen.

I början av 1711 visste han att han var döende. Den 16 januari fick han den sista smörjelsen med medlemmar av sin flock samlade runt sin säng. Han sade till dem: "Lev alltid i enlighet med Guds inspiration. Han dog vid midnatt. Han var sextio år gammal.

Tyvärr är det osäkert var hans kvarlevor finns.

Han saligförklarades i Sri Lanka av påven Johannes Paulus II den 21 juni 1995 och helgonförklarades där av påven Franciskus onsdagen den 14 januari 2015.

Hans högtidsdag firas den 16 januari.