Zanim został mianowany sekretarzem stanu w lipcu 2021 r., Juan Fernández Trigo był szefem misji w ambasadzie Hiszpanii w Wenezueli, kiedy przedstawicielstwo pozostało bez ambasadora, ponieważ rząd w Madrycie nie uznał legalności reżimu Nicolása Maduro.

W trakcie swojej kariery dyplomatycznej był ambasadorem Hiszpanii na Haiti, w Paragwaju, na Kubie i głównym ambasadorem przedstawicielstwa Unii Europejskiej w Urugwaju.

W latach 2017-2018 Juan Fernández Trigo był członkiem doradczym Biura Spraw Zagranicznych i Współpracy oraz koordynatorem stosowania art. 155 hiszpańskiej konstytucji.