Ennen kuin Juan Fernández Trigo nimitettiin ulkoministeriksi heinäkuussa 2021, hän toimi Espanjan Venezuelan suurlähetystön päällikkönä, kun edustusto jäi ilman suurlähettilästä, koska Madridin hallitus ei tunnustanut Nicolás Maduron hallinnon laillisuutta.

Koko diplomaattiuransa ajan hän toimi Espanjan suurlähettiläänä Haitissa, Paraguayssa ja Kuubassa sekä Euroopan unionin Uruguayn-lähetystön päälähettiläänä.

Vuodesta 2017 vuoteen 2018 Juan Fernández Trigo oli ulkoasiain- ja yhteistyöviraston neuvoa-antava jäsen ja Espanjan perustuslain 155 artiklan soveltamisen koordinaattori.