До призначення державним секретарем у липні 2021 року Хуан Фернандес Тріго очолював місію посольства Іспанії у Венесуелі, коли представництво залишилося без посла, оскільки уряд Мадрида не визнав легітимність режиму Ніколаса Мадуро.

Протягом своєї дипломатичної кар'єри він був послом Іспанії на Гаїті, Парагваї, Кубі та головою представництва Європейського Союзу в Уругваї.

З 2017 по 2018 рік Хуан Фернандес Тріго був радником при Міністерстві закордонних справ і співробітництва та координатором застосування статті 155 Конституції Іспанії.