Temmuz 2021'de Dışişleri Bakanı olarak atanmadan önce Juan Fernández Trigo, Madrid hükümeti Nicolás Maduro rejiminin meşruiyetini tanımadığı için temsilcilik büyükelçisiz bırakıldığında Venezuela'daki İspanya Büyükelçiliği'nde misyon başkanıydı.

Diplomatik kariyeri boyunca İspanya'nın Haiti, Paraguay, Küba büyükelçisi ve Uruguay'daki Avrupa Birliği Delegasyonunun baş büyükelçisi olarak görev yaptı.

Juan Fernández Trigo, 2017'den 2018'e kadar Dışişleri ve İşbirliği Dairesi'nin danışman üyesi ve İspanya Anayasası'nın 155. maddesinin uygulanmasının koordinatörlüğünü yaptı.