Voordat hij in juli 2021 tot staatssecretaris werd benoemd, was Juan Fernández Trigo hoofd van de missie op de Spaanse ambassade in Venezuela toen de vertegenwoordiging zonder ambassadeur kwam te zitten, omdat de regering in Madrid de legitimiteit van het regime van Nicolás Maduro niet erkende.

Tijdens zijn diplomatieke carrière was hij Spaans ambassadeur in Haïti, Paraguay, Cuba en hoofdambassadeur van de delegatie van de Europese Unie in Uruguay.

Van 2017 tot 2018 was Juan Fernández Trigo adviserend lid van het Bureau voor Buitenlandse Zaken en Samenwerking en coördinator van de toepassing van artikel 155 in de Spaanse grondwet.