Die 2011 errichtete Infrastruktur von Beja hat das Potenzial, ein wichtiger Flughafen in Portugal zu werden, der die überfüllten Flughäfen von Lissabon und Faro ergänzen würde. Nach 13 Jahren ist jedoch noch keine endgültige Entscheidung getroffen worden, und das zu einem Zeitpunkt, zu dem der Bau eines neuen Flughafens in Montijo oder sogar eines weiteren Flughafens in Lissabon diskutiert wird.
Manuel Tão, ein Wissenschaftler der Universität der Algarve, hat sich zu diesem Thema geäußert und behauptet, dass er keinen Sinn im Bau einer neuen Infrastruktur sieht, wenn es einen brandneuen, vorbereiteten Flughafen gibt, der den größten Teil des Problems lösen könnte. In einem Interview mit Rádio Renascença erklärte der Forscher, dass "wenn wir Probleme haben, sei es in Portela oder Faro, müssen wir auf eine bereits vorhandene Infrastruktur zurückgreifen, nämlich den Flughafen von Beja, unabhängig von den Verlusten oder Gewinnen, die er mit sich bringt."
Eines der größten Probleme im Zusammenhang mit dem Flughafen von Beja ist der Mangel an öffentlichen Verbindungen nach Lissabon oder in andere große Städte Portugals, da die Eisenbahn in Beja derzeit nicht in Betrieb ist und auch das Busangebot nicht besonders groß ist. Wie Manuel Tão in Bezug auf die Anbindungsproblematik betonte, "müssen wir die Anbindung von Beja ausbauen oder die bestehenden Verbindungen, insbesondere auf der Schienenebene, verstärken, denn wir haben keine Alternative".
Ein weiteres externes Problem, das die Untätigkeit des Flughafens von Beja beeinflussen kann, ist der Mangel an Finanzmitteln, insbesondere an europäischen Mitteln. Manuel Tão erklärte: "Entweder sie nutzen diese europäischen Mittel jetzt, oder sie nutzen sie nie wieder, weil das Szenario nach 2030 sehr kompliziert sein wird." Der Forscher glaubt, dass das Problem in den nächsten 10 bis 15 Jahren nicht gelöst werden wird.